கி.பி. 8 ஆம் நூற்றாண்டை அண்டிய காலப் பகுதியில் இந்துப் பெருங்கடற் பகுதியில் முஸ்லிம்களான அராபிய வணிகர்களின் செல்வாக்கு இருந்துள்ளது. இக்காலப் பகுதியில் தென்னிந்தியக் கரையோரங்களை அண்டி இவ்வணிகர்களின் குடியிருப்புக்களும், வணிக நிலைகளும் உருவாகின. அக்காலத்தில் யாழ்ப்பாணத்துத் துறைமுகங்களுடனும் அவர்களுக்கு வணிகத் தொடர்புகள் இருந்திருக்கும் என ஊகிக்கலாம். காலப்போக்கில் யாழ்ப்பாணத்திலும் துறைமுகங்களை அண்டி அவர்களுடைய குடியிருப்புக்கள் ஏற்பட்டிருக்கக்கூடும். எனினும், அக்காலத்தில் யாழ்ப்பாணத்தில் முஸ்லிம்களின் இருப்புக் குறித்த உறுதியான தகவல்கள் எதுவும் இதுவரை கிடைக்கவில்லை. எனினும் யாழ்ப்பாணத்துடன் போர்த்துக்கேயரின் தொடர்புகள் ஏற்பட்ட காலப் பகுதியிலிருந்து, அவர்கள் எழுதிய நூல்களில் இங்கே முஸ்லிம்களின் நடவடிக்கைகள் குறித்த தகவல்கள் ஆங்காங்கே காணப்படுகின்றன.
யாழ்ப்பாணத் தமிழ் மன்னர் காலத்தில் தென்னிந்தியாவில் இருந்த முஸ்லிம் தலைவர்கள் யாழ்ப்பாண இராச்சியத்துக்குப் படையுதவி புரிந்துள்ளனர். தமிழரசர் காலப் பிற்பகுதியில் இராச்சியத்தின் வணிகச் செயற்பாடுகளில் முஸ்லிம்களின் பங்கு இருந்தது குறித்தும் தகவல்கள் உள்ளன. அதேவேளை, யாழ்ப்பாண அரசர் காலப் பிற்பகுதியில், குறிப்பாக 17 ஆம் நூற்றாண்டின் தொடக்கத்தில் யாழ்ப்பாணத்தின் பண்ணையை அண்டிய பகுதியில் முஸ்லிம் வணிகக் குடியேற்றம் ஒன்று இருந்தமைக்கான சான்றுகள் கிடைக்கின்றன. இவ்விடத்தில் நெல், அரிசி முதலியவற்றைக் களஞ்சியப்படுத்துவதற்கான வசதிகளும், பள்ளிவாசல் ஒன்றும் இருந்துள்ளன. 1591 ஆம் ஆண்டில் நல்லூரின் மீது படையெடுத்துவந்த போர்த்துக்கேயப் படைகள் பண்ணைப் பகுதியில் இருந்த முஸ்லிம்களின் களஞ்சியங்களில் இருந்து பெருமளவு அரிசி, நெல் முதலானவைகளைக் கொள்ளையிட்டது தொடர்பான குறிப்புக்கள் குவைரோஸ் பாதிரியாரின் நூலில் காணப்படுகின்றன. முஸ்லிம்களின் இந்தக் குடியிருப்புத் தொடர்பான மிக முற்பட்ட தகவல் இதுவே. இது யாழ்ப்பாணத்தில் நிரந்தரமாக வாழ்ந்த முஸ்லிம்களின் குடியிருப்புப் பகுதியா அல்லது வெளியிலிருந்து வணிகத்துக்கான பொருட்களைக் கொண்டுவரும் வணிகர்களுக்கான தற்காலிக வதிவிடமும், வணிகநிலையுமா என்பது குறித்துத் தெளிவில்லை.
1614 ஆம் ஆண்டளவில், அக்காலத்தில் யாழ்ப்பாணத்திலிருந்த போர்த்துக்கேயப் பாதிரியார், முஸ்லிம்கள் நீண்டகாலம் பயன்படுத்திவந்த இப்பகுதியில் ஒரு கத்தோலிக்கத் தேவாலயத்தைக் கட்டுவதற்குத் திட்டமிட்டார். முஸ்லிம்களை அவ்விடத்திலிருந்து அகற்றுவதற்காக அங்கிருந்த பள்ளிவாசலுக்கு அவர் தீ வைப்பித்ததாக குவைரோஸ் பாதிரியார் குறிப்பிட்டுள்ளார். இதனால், இப்பகுதியில் இருந்த முஸ்லிம்கள் அங்கிருந்து வெளியேறி, யாழ்ப்பாண அரசனால் வழங்கப்பட்ட இன்றைய முஸ்லிம் வட்டாரப் பகுதிக்கு இடம்பெயரவேண்டி ஏற்பட்டது. இதுவே இன்றைய யாழ்ப்பாணத்தின் முஸ்லிம் குடியிருப்புப் பகுதியின் தோற்றுவாய் ஆகும். முஸ்லிம்கள் முன்னர் குடியிருந்த பண்ணைப் பகுதியில் பாதிரியார் புதுமைமாதா தேவாலயத்தைக் கட்டினார். பிற்காலத்தில் மேற்படி தேவாலயத்தைச் சுற்றியே போர்த்துக்கேயர் தமது கோட்டையையும் கட்டினர். இன்று இருக்கும் ஒல்லாந்தர் காலக் கோட்டையும் அதே இடத்திலேயே கட்டப்பட்டது.
போர்த்துக்கேயர் முஸ்லிம்களைப் பகைவர்களாகவே கருதினர். இந்து சமயத்தவர்களுக்கு ஏற்பட்ட நிலையைப் போலவே முஸ்லிம்களும் தமது மதச் செயற்பாடுகளில் வெளிப்படையாக ஈடுபடுவதற்கு அனுமதிக்கப்படவில்லை. ஆனாலும், இஸ்லாமியப் பாடசாலைகளும், மதச் செயற்பாடுகளும் மறைவாக இடம்பெற்றிருக்கும் என்பதில் ஐயமில்லை. போர்த்துக்கேயர் சாதி அடிப்படையிலும் வரி அறவிட்டு வந்தனர். இந்த அடிப்படையில் ஒரு சமூகமாக யாழ்ப்பாணத்து முஸ்லிம்கள் போர்த்துக்கேயருக்கு வரி செலுத்தியது குறித்த தகவல்கள் அக்காலத்து ஆவணங்களில் காணப்படுகின்றன. அதேவேளை, பல்வேறு வசதி வாய்ப்புக்கள் முஸ்லிம்களுக்கு மறுக்கப்பட்டன. வெளிநாட்டு முஸ்லிம்கள் யாழ்ப்பாணத்தில் குடியேறுவதைப் போர்த்துக்கேயர் விரும்பவில்லை. எனினும், தங்களுக்கு வருமானம் தரக்கூடிய செயற்பாடுகளில் வெளிநாட்டு முஸ்லிம்களின், குறிப்பாக இந்திய முஸ்லிம்களின் பங்களிப்பைப் பெற்றுக்கொள்வதில் போர்த்துக்கேயர் பின்னிற்கவில்லை.
ஒல்லாந்தர் போர்த்துக்கேயரைப்போல் முஸ்லிம்கள் மீது வெறுப்பைக் காட்டவில்லை என்று கருதப்படுகின்றது. ஆனாலும், 1665 அம் ஆண்டில் ஒல்லாந்தக் கட்டளை அதிகாரியாக இருந்த அந்தனி பவ்லியோன், யாழ்ப்பாணத்தில் நீண்ட காலமாக வாழும் முஸ்லிம்களைத் தவிர வெளியிலிருந்து வரும் முஸ்லிம்களை இங்கே நிரந்தரமாகத் தங்க அனுமதிப்பதில்லை என்பது விதியாகக் கடைப்பிடிக்கப்படுவதாகக் குறிப்பிட்டுள்ளார்.
ஒல்லாந்தர் காலத்தில், ஒரு கட்டத்தில் யாழ்நகரப் பகுதியில் இருந்த முஸ்லிம்களின் குடியிருப்புப் பகுதியில் இஸ்லாம் மதப் பாடசாலைகள் இருந்ததாகவும், அம்மக்கள் அங்கே மதச் செயற்பாடுகளில் ஈடுபட்டதாகவும் சில ஆண்டுகள் யாழ்ப்பாணத்தில் வாழ்ந்த ஒல்லாந்தப் பாதிரியாரான பல்தேயஸ் எழுதியுள்ளார். உண்மையில் இச்செயற்பாடுகள் குறித்துப் பாராமுகமாக இருந்ததாக அவர் அதிகாரிகளைக் குறைகூறியுள்ளார்.
ஒல்லாந்தர் காலத்தில் தென்னிந்தியாவில் உள்ள காயற்பட்டினம் போன்ற ஊர்களிலிருந்து சில முஸ்லிம்கள் சாவகச்சேரி, கொடிகாமம், எழுதுமட்டுவாள் ஆகிய இடங்களில் இருந்த சந்தைகளில் வியாபாரம் செய்துகொண்டு தென்மராட்சியில் உள்ள உசன் என்னும் ஊரில் வாழ்ந்துவந்ததாகவும், ஒல்லாந்தர் காலத்தின் இறுதிப் பகுதியில் இவர்கள் இன்றைய நல்லூர்க் கந்தசுவாமி கோயில் இருக்கும் பகுதியில் குடியேறி வாழ்ந்ததாகவும் யாழ்ப்பாண வைபவமாலை கூறுகின்றது. தமிழரசர் காலத்தில் இருந்து போர்த்துக்கேயரால் அழிக்கப்பட்ட நல்லூர்க் கந்தசுவாமி கோயிலை மீளக் கட்டும் எண்ணம் உருவான காலத்தில் அவ்விடத்தில் இருந்த முஸ்லிம்களிடம் இருந்து அந்த நிலத்தை வாங்குவதற்கு இந்துக்கள் முயற்சி செய்தபோதும், முஸ்லிம்கள் அதற்கு இணங்கவில்லை. இறுதியில், முஸ்லிம்கள் தூய்மையற்றது எனக் கருதும் பன்றி இறைச்சியை அவர்கள் நீரெடுக்கும் கிணற்றில் போட்டு அவர்களை அவ்விடத்தில் இருந்து வெளியேற்றியது பற்றியும் வைபவமாலையில் குறிப்புக்கள் உள்ளன. இவர்கள் பின்னர் நாவாந்துறைக்கு அருகில் ஏற்கெனவேயிருந்த முஸ்லிம்களின் குடியிருப்புப் பகுதியில் குடியேறினராம்.
ஒல்லாந்தர் காலத்தின் இறுதிப் பகுதியில் இந்து, கத்தோலிக்க வழிபாட்டிடங்கள் அமைக்கப்பட்டதைப் போலவே முஸ்லிம் வட்டாரப் பகுதியில் இன்று இருக்கும் பெரிய பள்ளிவாசலும் அமைக்கப்பட்டதாக நம்பப்படுகின்றது. வண்ணார்பண்ணைச் சிவன் கோயிலைக் கட்டிய வைத்திலிங்கம் செட்டியாரின் நண்பரும் பெரிய வணிகருமாயிருந்த முகம்மது தம்பி மரைக்கார் என்பவர் இப்பளிவாசலைக் கட்டியதாக வாய்வழிக் கதைகளைச் சான்றாகக் கொண்டு அப்துல் ரசாக் என்பவர் தனது நூலில் எழுதியுள்ளார். செட்டியார் சிவன் கோயிலைக் கட்டும்போது முகம்மது தம்பி மரைக்கார் செட்டியாருக்குப் பலவழிகளில் உதவினார் என்றும், பெரிய பள்ளிவாசலுக்கு அருகில் உள்ள, பெரிய குளம் என்று அழைக்கப்படும் குளத்தை வைத்திலிங்கம் செட்டியார் கட்டிக் கொடுத்தார் என்றும் செவிவழிக் கதை உண்டு. எனினும் இதை உறுதி செய்வதற்கான நம்பத் தகுந்த வேறு ஆதாரங்கள் கிடைக்கவில்லை.